神户市地处兵库县东南部,六甲山系和濑户内海构成了神户依山傍海的都市景观。六甲山东西横贯神户市域北部,构成神户市中心街区和郊区的天然分界线。六甲山最高峰的海拔高度是931.25米,也是神户市内的最高点。山地北侧是神户市内保存较多自然的地区,关西著名的温泉旅游地有马温泉就位于这里。在六甲山地北麓和其附近的丘陵地带也有一些新市镇,有多条铁路和公路穿过六甲山连接这些新市镇和神户市中心市区。在六甲山麓的南侧,有众多神户开港早期时修建的外国人住宅,这一区域也是日本最早的近代高档住宅区。神户市的大部分中心市区则位于六甲山系和濑户内海之间的沿海平地。这一地区的南北长度仅有约三公里,使得神户的中心街区呈现沿海岸的东西细长的形状。为了扩充市区和港口用地,神户曾多次实施填海造地。神户市沿海的两大人工岛—港湾人工岛和六甲人工岛均是利用六甲山的土石填海造成的人工岛。神户市内的主要河流则有住吉川、生田川、新凑川等,这些河流大多发源自六甲山且在流经神户市区后就直接入海,因此长度十分短小。