航空
印尼有到达新加坡、马来西亚、泰国、香港、中国、巴基斯坦、欧洲和北美各国或地区的航班。目前香港国泰航空公司、中国南方航空公司和印度尼西亚鹰航空公司已有从北京、广州到印尼雅加达和泗水的航线。
火车
印尼铁路多集中在爪哇岛，以雅加达为始发站，来往于爪哇岛和苏门答腊岛间。北线从雅加达经井里汶、三宝垄到泗水；南线从雅加达，经万隆、日惹到泗水。列车都是傍晚发出早上到达，很便于旅游。
公路
爪哇岛和苏门答腊岛上公路交通较发达，从雅加达、万隆、泗水等中心城市有通往周边地区的短距离高速公路，长途汽车往来于各大城市间。
水运
印尼是个岛国，各主要岛屿间大多依靠轮渡和客轮相通，轮渡还可搭载游客的汽车。从爪哇岛去苏门答腊岛，游客可先乘车至西爪哇北部西端的孔雀港，然后搭乘轮渡穿过巽达海峡，到达苏门答腊南部楠榜省的巴果亥尼；从爪哇岛去巴厘岛，从爪哇岛东端的外南梦搭乘轮渡穿过巴厘海峡，便到达巴厘岛西端的吉利马奴克。
出租车
印度尼西亚出租车起步价5元。
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